Bardzo dziękuję za pomoc.
Po zrobieniu jak podał Ganicjusz wszystko zaczęło prawidłowo działać. Dziękuję też samu za poradnik do vhostów

A możesz mi poprawić konfigurację tego vhosta aby była dobrze skonfigurowana (bezpiecznie)?

w /etc/nginx/conf.d nic nie mam.
w /etc/nginx/sites-enabled mam default, który jest skonfigurowany jak w pierwszym poście.

Za każdym razem gdy coś zmieniam w konfiguracji nginxa to robię restart /etc/init.d/nginx restart

Jak widać tak...

Teraz zauważyłem że jeżeli wejdę przez IP:
195.149.199.89
to również prowadzi do /usr/local/nginx/html/index.php

Właśnie tej informacji już nie ma po zrestartowaniu nginxa. W konfiguracji nginxa też nic nie ma:
/etc/nginx/nginx.conf:

user www-data;
worker_processes  1;
error_log  /var/log/nginx/error.log;
pid	    /var/run/nginx.pid;
events {
    worker_connections  1024;
    # multi_accept on;
}
http {
    include	   /etc/nginx/mime.types;
    access_log  /var/log/nginx/access.log;
    sendfile	    on;
    #tcp_nopush	 on;
    #keepalive_timeout  0;
    keepalive_timeout  65;
    tcp_nodelay	    on;
    gzip  on;
    gzip_disable "MSIE [1-6]\.(?!.*SV1)";
    include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
    include /etc/nginx/sites-enabled/*;
}
# mail {
#	 # See sample authentication script at:
#	 # http://wiki.nginx.org/NginxImapAuthenticateWithApachePhpScript
#
#	 # auth_http localhost/auth.php;
#	 # pop3_capabilities "TOP" "USER";
#	 # imap_capabilities "IMAP4rev1" "UIDPLUS";
#
#	 server {
#		 listen	 localhost:110;
#		 protocol   pop3;
#		 proxy	  on;
#	 }
#
#	 server {
#		 listen	 localhost:143;
#		 protocol   imap;
#		 proxy	  on;
#	 }
# }

a vhosta mam już tylko jednego (default) i tam jest ciągle ten sam wpis.

error.log teraz wygląda tak:

2012/05/23 06:29:53 [error] 1062#0: *1 open() "/var/www/favicon.ico" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /favicon.ico H$
2012/05/23 06:29:53 [error] 1062#0: *1 open() "/var/www/favicon.ico" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /favicon.ico H$
2012/05/23 06:30:15 [error] 1062#0: *12 open() "/var/www/favicon.ico" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /favicon.ico $
2012/05/23 06:30:16 [error] 1062#0: *12 open() "/var/www/favicon.ico" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /favicon.ico $
2012/05/23 06:30:59 [error] 1062#0: *2 open() "/usr/local/nginx/html/zuo.php" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /zuo.$
2012/05/23 06:31:05 [error] 1062#0: *2 open() "/usr/local/nginx/html/.php" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /.php HT$
2012/05/23 06:31:16 [error] 1062#0: *14 open() "/var/www/zuo.css" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "HEAD /zuo.css HTTP/1.$
2012/05/23 06:31:30 [error] 1062#0: *16 open() "/var/www/style.css" failed (2: No such file or directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /style.css HTTP$
2012/05/23 06:31:42 [error] 1062#0: *20 open() "/usr/local/nginx/html/index.php/.php" failed (20: Not a directory), client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /index$
2012/05/23 06:31:58 [error] 1062#0: *21 access forbidden by rule, client: 164.127.77.167, server: poplop.tk, request: "GET /.htaccess HTTP/1.1", host: "poplop.tk"

Poprzedni błąd już nie występuje a domena poplop.tk nadal wskazuje na nie poprawny katalog. Szukałem tych vhostów już wszędzie i nie ma ich więcej.